花卉在种植过程中，会产生很多性状变异，人为地对这些自然变异或人工授粉变异进行选择和繁殖，从而培育出花卉新品系的过程，称为选择育种。这是花卉常规育种中的重要手段之一。 

由遗传的分离定律和自由组合定律，我们可以得知，同属花卉相互授粉就产生染色体重组，再加上染色体重组过程中发生片断置换、错位、丢失，会导致下代个体发生很多性状变异。此外，环境的急剧变化也会影响到花卉本身的遗传物质组成，如化学药剂、射线等，从而产生育种上可利用的遗传变异。

花卉育种主要考虑形态方面的变异，如株型紧凑与否、花色、整齐度、观赏时期、花型等；当然也有生理特性方面的变异，如耐寒花卉的耐热性、热带花卉的抗寒性、对主要病害的抗病性等。变异在性质上可分为遗传的变异和不遗传的变异。

从遗传角度看，花卉的变异存在不可遗传的变异和可遗传的变异。不可遗传的变异通常只发生于某处或某代，主要是环境变化引起的。例如，缺肥的环境可导致植株的瘦小、强烈的阳光可导致株型的紧凑等。可遗传的变异是遗传物质变异的结果，是选择育种的基础。

选择育种有很多方法，下面简单介绍一下：

1．混合选择法

混合选择法是按照某一个或某几个性状，从一个原始群体或混杂品种中，选出彼此类似的优良植株，然后统一收种繁殖或者通过种球等无性材料繁殖，来获取相对一致的优良群体的方法。混合选择又分为一次混合选择和多次混合选择。混合选择的优点是简便易行，保持广泛的遗传基础，非常高的可靠性，可用来作为长期的基因资源保存手段；缺点是混合繁殖，系谱不清楚，选择效果低，提纯周期长。

2．单株选择法

单株选择法是育种学上的叫法，简单的叫法是自交法。就是从原始花卉群体中选出一些优良单株，分别编号，自花授粉；各自播种，在各自的株系中选取符合育种目标的个体继续自交，直至达到育种要求。

自交法主要用于可以通过种子繁殖的花卉，例如三色堇、矮牵牛、万寿菊、大岩桐、金鱼草等。

这里提出两种说法。
一是常规种，主要是自花授粉植物，例如日日春、仙客来等，自交就能选育出优秀的株系，作为新品系推广，此类自交2-3代基本纯合。现在的商业品种很多F1代种子，需要做更多代的自交提纯。
二是F1代花卉种子，适用于所有种子繁殖的花卉。需要优秀纯合的自交系作为亲本。具体内容参考花卉育种之杂交育种。

3．无性系选择法

无性系是指由一株植物通过无性繁殖方式繁殖出来的所有植株。主要指球根类花卉和部分靠扦插和组培繁殖的花卉。例如大丽花、唐菖蒲、风信子、康乃馨、非洲菊、百合等。

凡从普通种群中或人工或天然杂种后代中挑选优良单株，繁殖成无性系，通过无性系间的对比试验，选出优良无性系的过程，都称为无性系选择，所以无性系选择主要用于无性繁殖的花卉。无性繁殖能把优良的性状全部遗传给后代，没有分离。无性系选择的效果较高，很多优良品种都是无性系选择的结果，例如，中国水仙中的重瓣品种“玉玲珑”。在月季育种、牡丹育种中，可用现有的优良品种间进行杂交或从颜色鲜艳、抗性良好等植株上去采集种子，然后在子代个体中选出优秀单株通过无性繁殖，形成无性系。对于无性繁殖的花卉和生产上长期以无性繁殖为主的花卉，选择优良无性系培育成新品种，这是花卉育种的一条有效途径。

4．芽变选择法  

芽变选择很容易理解，分生组织产生变异枝条，然后通过扦插、嫁接等无性繁殖方式进行繁殖，结果便有可能使这种变异在无性系中固定下来，形成一个具有新性状的无性系品种。月季、大丽花、郁金香、矮牵牛、水仙等花卉中许多品种来自芽变。也有另外一些变异无法利用，此类变异往往不带有变异部分的枝或芽，例如飞燕草、紫茉莉、牵牛花、圆头鸡冠等的花瓣上出现条纹或斑块状不同于原来花瓣或花序颜色的变异。

芽变往往最初发生于某一组织原层的个别细胞，以后随着细胞分裂而扩大其变异部分，使该组织具有不同遗传组成的细胞，形成嵌合体。